類風濕性關節炎病人常在治療改善後，紅、腫、熱、痛皆消失了，但病人仍然感受關節疼痛，讓醫師與病人都感到困惑。
疼痛是免疫風濕科病人最大的主訴，且是最為急迫需解決的症狀，調查顯示關節炎病人找醫師最大的原因是解決疼痛的問題，能夠解決病人的疼痛，在免疫風濕科即可得到大部分病人的滿意，最近在神經生物學的進步，對肌肉骨骼的疼痛有新的了解。
疼痛的致病機轉可分為
1.傷害性疼痛 (Norciceptive pain) 是因組織損害導致的疼痛，如退化性關節炎引起軀體感覺的痛。
2.神經病變性疼痛 (Neuropathic pain) 是因體感神經病變導致的疼痛，例如由糖尿病引起的周邊神經病變疼痛。
3.可塑性疼痛(Nociplastic pain) 最近研究一些慢性疼痛如纖維肌痛症(FM) 或腸道激躁症引起的疼痛，這是腦部感覺的路徑改變引起的疼痛，最近十年來可塑性疼痛受到重視，原因是即使關節炎已接受治療而緩解，但病人還是持續感覺疼痛，這是由於中樞敏感化(central sensitization)引起的疼痛，例如關節炎如果沒提早治療，長期關節炎將導到中樞敏感化而降低疼痛之臨界點 (thresholds) 而更容易感到疼痛，這就是為何類風濕性關節炎疾病本身已控制好，但病人還持續痛的原因，可塑性疼痛常還伴隨疲倦，睡眠障礙，記憶力衰退，增加其他刺激的敏感如對光、味道及燥意的感受，這種可塑性疼痛特別在類風濕性關節炎發生慢性發炎性的關節炎引起，類風濕性關節炎的疼痛是經過各種不同的致病機轉。
結論: 類風濕性關節炎的疼痛是經由神經的敏感化造成從傷害性疼痛進行到可塑性疼痛，這解答了類風濕性關節炎病人為何經過治療而得到緩解，但病人還是感覺疼痛的原因。